心身疾病是由多种因素引起的，在各种因素之间又互有联系和影响。目前对其发病的理论主要有两个理论学派：心理动力学理论和心理生理学理论。

1、心理动力学理论

这一理论始终重视潜意识心理冲突在各种心身疾病发生中的作用。代表者Alexander 认为未解决的潜意识的冲突是导致心身疾病的主要原因。目前认为，潜意识心理冲突是通过自主神经系统功能活动的变化，作用在相应的特殊器官和具有易患素质的患者而致病的。例如，哮喘的喘息发作和咳嗽症状被认为是“被压抑的哭喊”，目的在于得到他人的帮助；生活环境中对爱情的强烈而矛盾的渴望，可伴随胃的过度活动，具易患素质者就可能引起胃溃疡。因而他们主张对心身疾病的治疗，只是查明并解决所谓致病的情绪因素和心理矛盾。

心理动力学理论发病机制的不足是片面夸大了潜意识的作用，把躯体疾病的许多症状都解释为潜意识中情绪反应的象征，影响了对其他病因的研究和全面治疗。

2、心理生理学理论

这一理论以Cannon的情绪生理学和巴甫洛夫高级神经活动类型学说为基础。采用量化研究方法来研究有意识的心理因素，如情绪，与可测量到的生理、生化变化之间的关系。他们认为，情绪对一些躯体疾病的影响很大，对自主神经系统支配的某一器官和某一系统影响更为明显。此外，他们还探索了心理社会刺激引起的情绪是通过什么途径引起生理生化变化而致病的。在研究过程中，他们不仅重视对心理生理障碍的发生发展机制的研究，而且把心理因素扩大为心理社会因素对人体健康和疾病的影响，强调了人们对环境刺激的心理生理反应，即强调了心理社会的紧张刺激对人体的影响以及机体对疾病的易感性、适应性和对抗性等概念在疾病过程中的作用。

心身疾病的微观机制目前仍不清楚。宏观方面认为：心理应激因素主要通过中枢神经系统影响自主神经系统、内分泌系统和免疫系统等中介机制，继而影响外观内脏器官而导致心身疾病的发病过程包括心理应激（stress），和心身反应两个主要环节。其发病源叫“心理应激源”，它一般有三大类：一是灾难性事件，如地震、火山、战争和恐怖袭击等，它的人群影响范围广，刺激强度大，造成的精神创伤严重，著名病例如二战期间斯大林格勒市民的“围城高血压”和9·11事件引起的很多美国人的各种心身病症。二是个人性应激源，与个人生活经历有关，影响范围小，个体差异大，如失学、失恋、事业等，但其个人影响不可忽视。三是背景性应激源，如噪音、拥挤、空气污染、不协调的人际关系等，它能长期对人的心身健康构成潜移默化的影响。

心理应激对身体的影响主要是通过植物性神经系统、神经内分泌系统和免疫系统三个途径。植物性神经主要调控人体脏器的自主活动，包括交感神经系统和副交感神经系统。过于激动的情绪容易使交感神经过度兴奋而导致冠心病；焦躁过度的心理则易通过副交感神经而导致胃酸分泌过多，导致胃溃疡。心理应激反应还会导致神经内分泌系统失调，导致甲亢、糖尿病等病症。第三个是免疫系统功能的减弱，它会造成人体抵抗外界病源的能力降低，而且内部的免疫监督也会减弱，使癌细胞增殖扩散的风险增大。例如，很多癌症病症的出现，往往是在患者情绪受到了很大的伤害以后。