由于心身疾病与心理、社会因素的状况有密切关系，那么治疗心身疾病患者不同于传统生物医学模式的方法，这也是心身医学的主要任务之一。一般来说，心身医学对患者的审视和诊断是比较全方位的，会根据生理因素、心理社会因素在不同患者身上起致病作用的不同比例，来制定相应的治疗措施，即“心身同治原则”。

心身疾病的治疗应强调综合性治疗原则，即在原发病躯体治疗的同时兼顾心理、行为等方面的治疗。原发病的躯体治疗主要目的是控制或解除症状，如溃疡病的抗酸治疗。对于急性发病而且躯体症状严重的病人，如急性心肌梗塞病人、过度换气综合症病人，则需以生理救治为先，以防病情进一步恶化而对身体造成严重损坏。而对于更年期综合症、慢性消化性溃疡等病的患者，鉴于其症状为慢性发作，且心理因素作用强度很大，除了给予适当的药物治疗外，应重点做好心理和行为指导等各项工作。要巩固心身疾病的治疗，减少心身疾病的复发，常常还需结合心理治疗与必要的精神药物治疗，才可以获得更为全面的疗效。

心身疾病的治疗方式包括心理治疗、药物治疗、物理治疗等。

心理治疗：在心身疾病的治疗中，心理治疗应作为一种主要的疗法贯穿始终，帮助患者改变对疾病的不正确态度，并动员家属和有关方面共同配合治疗。常用的有行为治疗、认知行为治疗、催眠治疗、暗示治疗以及道家认知治疗等，如系统脱敏治疗，即利用交互抑制和消退原理，将单个能引起明显焦虑的刺激，划分为若干由低到高不同等级只能引起微弱焦虑的刺激，将刺激反复暴露在患者面前，同时利用生物反馈方法训练患者放松，从而使刺激渐渐失去引起焦虑的作用。用来治疗高血压、溃疡病、偏头痛、支气管哮喘等心身疾病。认知行为治疗则是消除患者不恰当的错误认知，重建合理认知，从而缓解或消除患者抑郁等不良情绪，适合各种心身疾病的治疗。

心身疾病的心理治疗主要有三个目标：一是消除患者的社会刺激因素，如不良的家庭环境，紧张的人际关系等，使患者得以在相对平和温馨的生活环境中恢复正常心态，以减弱致病的外在刺激；二是消除心理学病因，即帮助患者（如冠心病人）改变认知模式，培养正常心态，这是从内在角度“治本”，难度相当大；第三则是消除生物学病因，例如采用长期松弛训练和生物反馈疗法治疗高血压病人，可以帮助改善病人的循环系统，降低血压。

药物治疗——药物的合理利用可以为心理治疗创造条件，对提高患者的生活质量起到重要作用。除了对各种具体患病器官的对症治疗外，大部分心身疾病患者是适用抗焦虑及抗抑郁药物治疗的，以控制患者的不良情绪为主要目的。

物理治疗——此外，松弛训练、理疗、水疗、体疗、气功、太极拳、脑功能康复治疗仪、中低频脉冲电治疗仪、经颅磁治疗仪、生物反馈治疗仪、认知矫正治疗仪、放松催眠治疗仪对心身疾病均有一定疗效甚至较好疗效。