从胎儿到18岁以前影响中枢神经系统发育的因素都可能导致精神发育迟滞，包括生物学因素和社会文化因素，多数患者以生物学因素为主，以社会文化因素或两者兼有者为少数。在精神发育迟滞中约半数患者能够发现明确的生物学病因，且多是中度以上智力损害者，而在轻度患者中绝大多数虽然以生物学病因为主，但却难以查出确切的病因。目前已明确的病因主要有以下几个方面。

1．遗传因素 染色体异常：常染色体和性染色体的单体型、三体型、多倍体等染色体数目异常。染色体的倒位、缺失、易位、重复、环形染色体和等臂染色体等结构异常。导致精神发育迟滞的常见原因有：唐氏综合征（Down’s syndrome，先天愚型）是G组第21对染色体三体型，先天性卵巢发育不全（Turner’s syndrome）为女性缺少1条X染色体，先天性睾丸发育不全（Klinefelter’s syndrome）是男性X染色体数目增多，脆性X染色体综合征（fragile X syndrome）患者X染色体长臂末端Xq27和Xq28上有脆性位点。

2．遗传代谢性疾病 DNA分子结构异常使机体代谢所需酶的活性不足或缺乏，导致遗传代谢性疾病。其中苯丙酮尿症、半乳糖血症、戈谢氏病（Gaucher’s syndrome，高雪氏病）、家族性黑朦性痴呆、脂质沉积症、粘多糖病、脑白质营养不良等常见。

结节性硬化、神经纤维瘤、Sturge-Weber综合征、萎缩性肌强直症、先天性甲状腺功能低下、着色性干皮病等疾病均导致精神发育迟滞，病因与遗传有关。

此外，少数精神发育迟滞为多基因遗传，即在多个基因的累积效应基础上，加上环境因素的影响所致。

3．先天性颅脑畸形 常见如家族性小脑畸形、先天性脑积水、神经管闭合不全等疾病。

4．围产期有害因素 感染：母孕期各种病毒、细菌、螺旋体、寄生虫等感染，如巨细胞病毒、风疹病毒、流感病毒、肝炎病毒、HIV病毒、弓形虫、梅毒螺旋体等。

（1）药物：很多药物可导致精神发育迟滞，特别是作用于中枢神经系统、内分泌和代谢系统的药物，以及抗肿瘤和水杨酸类药物。

（2）毒物：环境、食物和水被有害物质污染，如铅、汞等。

（3）放射线和电磁波

（4）妊娠期疾病和并发症：孕妇患各种疾病，如糖尿病、严重贫血、肾脏病、甲状腺疾病等，先兆流产、妊娠高血压、先兆子癎、多胎妊娠等。

（5）分娩期并发症：前置胎盘、胎盘早期剥离、胎儿宫内窘迫、脐带绕颈、产程过长、产伤、早产等使胎儿颅脑损伤或缺氧。

（6）母亲妊娠年龄偏大、营养不良、抽烟、饮酒，遭受强烈或长期的心理应激产生持续的情绪抑郁、焦虑等都可能与精神发育迟滞有关。

（7）新生儿疾病：未成熟儿、低出生体重儿、母婴血型不合所致核黄疸、新生儿肝炎、新生儿败血症、胎儿颅缝早闭等。

5．出生后因素 大脑发育成熟之前各种影响大脑发育的疾病以及早期缺乏文化教育都可能导致精神发育迟滞。

（1）脑损伤：脑炎、脑膜炎等中枢神经系统感染，颅内出血，颅脑外伤，脑缺氧（溺水、窒息、一氧化碳中毒、长时间呼吸困难），甲状腺功能低下，重度营养不良等。

（2）环境因素：听觉或视觉障碍、贫困、与社会隔离等因素使儿童缺乏接受文化教育或人际交往机会，影响智力发育。